Diagnostic du microbiote par analyses moléculaires avancées
Le marqueurs bactériens et les marqueurs fongiques donnent une mesure objective des communautés microbiennes du sol. L’intérêt : transformer une hypothèse terrain en décisions pilotées par des données.
Communautés bactériennes
Les analyses reposent sur des marqueurs bactériens ciblés, qui visent à décrire la structure des communautés bactériennes présentes dans le sol. L’objectif n’est pas d’identifier un micro-organisme isolé, mais, mais d’obtenir une lecture robuste des grands équilibres : diversité, abondances relatives, et principaux groupes fonctionnels.
- Lecture structurée des équilibres biologiques : analyse de la diversité, des abondances relatives et des groupes fonctionnels dominants.
- Identification des signaux de déséquilibre : détection de profils compatibles avec une fragilisation du système sol–plante.
- Mise en perspective agronomique : interprétation des données à la lumière des pratiques culturales et de l’historique du site.
- Appui à la décision : priorisation d’actions biologiques et culturales cohérentes, suivies dans le temps.
Communautés fongiques
Les analyses s’appuient sur des marqueurs fongiques ciblés pour caractériser les communautés de champignons du sol : diversité, abondances relatives, et groupes majeurs. Cette lecture est particulièrement utile pour apprécier la place des décomposeurs, des symbiotes potentiels, et des groupes opportunistes, en lien avec l’historique de gestion et les conditions du site.
- Équilibres biologiques : répartition entre groupes associés à la décomposition, aux interactions racinaires et aux niches opportunistes.
- Risques et pressions : identification de profils compatibles avec une pression pathogène accrue (sans conclure à eux seuls).
- Trajectoire : comparaison dans le temps pour mesurer l’effet des pratiques (aération, sable, nutrition, arrosage) et des actions biologiques.
Décisions et pilotage agronomique
Un rapport utile doit répondre à des questions de greenkeeper : « Où sont mes fragilités ? », « Qu’est-ce que je change en priorité ? », « Est-ce que mon plan fonctionne ? ».
- Prioriser des actions culturales (feutre, aération, humidité).
- Choisir un programme de biocontrôle / ré-ensemencement adapté.
- Comparer greens (zones à risque vs zones stables).
- Suivre dans le temps (avant/après).
De l’analyse aux décisions opérationnelles
L’analyse du microbiote vise à traduire des données complexes en leviers d’action agronomiques.